あらすじ・概要

神鳴沢セカイは死に、世界は作り替えられ、桐島優樹の通う高校に世界(セカイ)が転校してくるところから再び物語が始まった。
改変前の記憶がないふたりは何事もなかったかのようにまた出会い、優樹は身体の弱い世界が高校に行くための手伝いをするようになる。
ある時は登校の途中で、またある時は授業の途中で。体調悪化による早退を何度も繰り返すものの、世界は着実に『普通の高校生』に近づいていった。
そんな折、彼女の上履きが何者かの手によって隠される騒動が起きる。
陰湿な行為に優樹は激怒するが、世界が示した反応は思いもよらないもので――
ようこそ、新しいセカイへ。